CNRS - AIX MARSEILLE UNIV : UMR7257

Accueil du site > fr > Recherche > Les équipes > Désordre structural et reconnaissance moléculaire > Bases moléculaires de la spécificité et affinité dans la reconnaissance de (...)

Projets de l’Equipe Longhi

Bases moléculaires de la spécificité et affinité dans la reconnaissance de partenaires par les protéines intrinsèquement désordonnées (PIDs)

Responsables Sonia LONGHI

Personnes impliquées : A. Gruet (AI, CDD, Etudiant EPHE), A. Vassena (Etudiant Master2, Erasmus, Universita’ degli Studi Milano-Bicocca), M. Dosnon (Etudiante Master2, BBSG, Université d’Aix-Marseille).

JPEG - 61.6 ko
Figure 7
Illustration schématique du principe de réassemblage de la GFP. Le complexe issu du re-assemblage entre les deux fragments de la GFP (où le fragment N-terminal est fusionné à NTAIL, et le fragment C-terminal est fusionné à PXD), est fluorescent, à la différence des deux fragments isolés qui sont insolubles chez E. coli. Le re-assemblage repose sur la capacité des protéines fusionnées (NTAIL et PXD) à interagir entre elles. La fluorescence est proportionnelle à l’affinité entre NTAIL et PXD.

Une des propriétés les plus fascinantes des PIDs est leur capacité à reconnaître des partenaires multiples tout en conservant une forte spécificité et très souvent une bonne affinité (avec des KD dans la gamme du nM-µM). Afin de comprendre les déterminants moléculaires de la spécificité et de l’affinité dans la reconnaissance de partenaires par les PIDs, nous utilisons actuellement une approche d’évolution in vitro afin de générer de la diversité au sein du domaine C-terminal de la nucléoprotéine du MeV (NTAIL). Une banque de mutants de NTAIL a été produite (collaboration avec C. Bignon, AFMB). Le criblage de la banque, afin d’identifier des variants avec des propriétés de liaison au partenaire altérées, a été réalisé en utilisant la technique du réassemblage de fragments de la GFP (Figure 7). Les clones ont été caractérisés en termes de leurs capacités de liaison au domaine X de la protéine P du MeV, et de leur séquence nucléotidique. Nous sommes actuellement en train de caractériser l’interaction entre un set de variants de NTAIL et la protéine partenaire PXD par des approches spectroscopiques et par ITC. Des essais de cristallisation de complexes conçus de manière rationnelle pour être moins flexibles, sont actuellement en cours.
L’interaction entre des variants de NTAIL et PXD est également étudiée in silico en utilisant des approches de simulation par dynamique moléculaire (collaboration avec P. Roche, IMR, Marseille). Pour finir, grâce à la collaboration avec D. Gerlier (Laboratoire Virologie Humaine, Lyon), l’impact fonctionnel in vivo de substitutions au sein de NTAIL est évalué dans le contexte de l’infection par le MeV.

© AFMB UMR7257  W3C validation