CNRS - AIX MARSEILLE UNIV : UMR7257

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Glycogénomique

Responsable Bernard HENRISSAT

Dernières Publications

  1. A model species for agricultural pest genomics: the genome of the Colorado potato beetle, Leptinotarsa decemlineata (Coleoptera: Chrysomelidae). (2018) Schoville SD, Chen YH, Andersson MN, Benoit JB, Bhandari A, Bowsher JH, Brevik K, Cappelle K, Chen MM, Childers AK, Childers C, Christiaens O, Clements J, Didion EM, Elpidina EN, Engsontia P, Friedrich M, Garcia-Robles I, Gibbs RA, Goswami C, Grapputo A, Gruden K, Grynberg M, Henrissat B, Jennings EC, Jones JW, Kalsi M, Khan SA, Kumar A,Li F, Lombard V, Ma X, Martynov A, Miller NJ, Mitchell RF, Munoz-Torres M, Muszewska A, Oppert B, Palli SR, Panfilio KA, Pauchet Y, Perkin LC, Petek M, Poelchau MF, Record E, Rinehart JP, Robertson HM, Rosendale AJ, Ruiz-Arroyo VM, Smagghe G, Szendrei Z, Thomas GWC, Torson AS, Vargas Jentzsch IM, Weirauch MT, Yates AD, Yocum GD, Yoon JS, Richards S. Sci Rep 8 1931 PMID:29386578
  2. Lytic xylan oxidases from wood-decay fungi unlock biomass degradation. (2018) Couturier M, Ladeveze S, Sulzenbacher G, Ciano L, Fanuel M, Moreau C, Villares A, Cathala B, Chaspoul F, Frandsen KE, Labourel A, Herpoel-Gimbert I, Grisel S, Haon M, Lenfant N, Rogniaux H, Ropartz D, Davies GJ, Rosso MN, Walton PH, Henrissat B, Berrin JG. Nat Chem Biol in press PMID:29377002
  3. Single-cell genomics of multiple uncultured stramenopiles reveals underestimated functional diversity across oceans. (2018) Seeleuthner Y, Mondy S, Lombard V, Carradec Q, Pelletier E, Wessner M, Leconte J, Mangot JF, Poulain J, Labadie K, Logares R, Sunagawa S, de Berardinis V, Salanoubat M, Dimier C, Kandels-Lewis S, Picheral M, Searson S, Pesant S, Poulton N, Stepanauskas R, Bork P, Bowler C, Hingamp P, Sullivan MB, Iudicone D, Massana R, Aury JM, Henrissat B, Karsenti E, Jaillon O, Sieracki M, de Vargas C, Wincker P. Nat Commun 9 310 PMID:29358710
  4. De novo assembly of the complex genome of Nippostrongylus brasiliensis using MinION long reads. (2018) Eccles D, Chandler J, Camberis M, Henrissat B, Koren S, Le Gros G, Ewbank JJ. BMC Biol 16 6 PMID:29325570
  5. Identification of Euglena gracilis beta-1,3-glucan phosphorylase and establishment of a new glycoside hydrolase (GH) family GH149. (2018) Kuhaudomlarp S, Patron NJ, Henrissat B, Rejzek M, Saalbach G, Field RA. J Biol Chem in press PMID:29317507
  6. Comparative genomics and transcriptomics depict ericoid mycorrhizal fungi as versatile saprotrophs and plant mutualists. (2018) Martino E, Morin E, Grelet GA, Kuo A, Kohler A, Daghino S, Barry KW, Cichocki N, Clum A, Dockter RB, Hainaut M, Kuo RC, LaButti K, Lindahl BD, Lindquist EA, Lipzen A, Khouja HR, Magnuson J, Murat C, Ohm RA, Singer SW, Spatafora JW, Wang M, Veneault-Fourrey C, Henrissat B, Grigoriev IV, Martin FM, Perotto S. New Phytol 217 1213-1229 PMID:29315638
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Notre équipe tente d’établir et d’explorer les relations entre la séquence des enzymes qui agissent sur les hydrates de carbone et leur spécificité. Ces travaux nous conduisent dans des domaines aussi divers que l’exploration du microbiote intestinal, la recherche d’enzymes pour l’élaboration de biocarburants ou pour la conversion des groupes sanguins.

CAZy et la classification des CAZymes

Les glucides sont utilisés par les êtres vivants pour une multitude de rôles, de la simple source de carbone, à celui de signaux moléculaires spécifiques, au rôle de structure, de stockage de l’énergie, ou encore lors des interactions hôtes-pathogènes. Nous nommons CAZymes les enzymes qui assemblent et déconstruisent les sucres complexes et les polysaccharides. Contrairement à la plupart des autres classes d’enzymes qui portent peu de puissance informationnelle, les particularités des CAZymes et de leurs substrats en font des outils puissants pour examiner et expliquer le style de vie des organismes vivants. Au cours des vingt dernières années, nous avons développé une classification en familles qui corrèle avec la structure et le mécanisme catalytique des CAZymes. Cette classification couvre à l’heure actuelle 5 classes d’enzymes (glycoside hydrolases, glycosyltransférases, carbohydrate estérases, polysaccharide lyases et activités auxiliaires) ainsi que les modules de fixation aux sucres qui caractérisent bon nombres de CAZymes. Afin de mettre à disposition de la communauté notre classification, nous avons créé la base de données en ligne CAZy (www.cazy.org) que nous mettons à jour régulièrement depuis 1998. Depuis quelques années nous couplons les moyens bioinformatiques à notre base de données afin d’explorer le contenu en CAZymes de centaines de génomes eucaryotes et procaryotes.


Pedro Maldonado COUTINHO
Elodie DRULA
Marie-Line GARRON
Bernard HENRISSAT
Pascal LAPEBIE
Vincent LOMBARD
Nicolas TERRAPON

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