Karine Alvarez, Médaille de Bronze CNRS

Karine ALVAREZ, chimiste de formation, a été recrutée CR2 CNRS CNRS Centre National de la Recherche Scientifique en 2001 dans l’équipe du Dr B. Canard à l’AFMB, laboratoire dans lequel elle a développé l’activité de synthèse chimique et notamment a installé en 2005 un laboratoire totalement équipé dédié à la synthèse organique, dans les nouveaux locaux de l’AFMB sur le campus de Luminy.
La thématique de l’équipe du Dr Canard est l’étude structure-fonction de la machinerie réplicative de plusieurs virus pathogènes majeurs pour l’homme, comme le VIH VIH Virus de l’immunodéficience Humaine , le virus de la dengue, le SRAS ou le VHC.

L’objectif du groupe de chimie, dont les projets s’intègrent directement dans les thématiques de l’équipe, est de concevoir et de synthétiser des antiviraux contre ces virus pour lesquels il n’existe pas de traitement et de concevoir des antiviraux plus performants que ceux actuellement utilisés en thérapie.
Dans la recherche de ces « candidats-médicaments », 2 stratégies de drug-discovery sont utilisées : l’une basée sur la synthèse de molécules conçues rationnellement grâce à la biochimie et la biologie structurale et l’autre basée sur de la synthèse « moyen débit » de molécules issues de résultats de criblages. Dans ces deux approches, les cibles sont des protéines du système réplicatif des virus mais l’une et l’autre varie par leur approche « guidée par la biologie » ou « guidée par la chimie ». L’originalité et la qualité du travail qui est réalisé sur ces sujets tiennent en grande partie à la multidisciplinarité de l’équipe combinant biochimie, biologie structurale, biologie moléculaire, bio-informatique, modélisation moléculaire, cristallographie, enzymologie, virologie et chimie.
C’est pour elle « une réussite de l’intégration d’une petite équipe de chimie dans un laboratoire de biologie ».

Ses travaux s’articulent autour de 3 axes :

 Développement de nouveaux analogues de nucléotides pour contourner la résistance de la RT du VIH VIH Virus de l’immunodéficience Humaine aux drogues de type nucléosi(ti)dique. (1 brevet, 7 publications)
 Mise au point d’une chimiothérapie contre les Flavivirus. (8 publications)
 La polymérase NS5B du virus de l’hépatite C comme cible d’antiviraux. (3 publications)

Dernières publications

DERNIERES PUBLICATIONS

1. Ester prodrugs of acyclic nucleoside thiophosphonates compared to phosphonates: Synthesis, antiviral activity and decomposition study. (2013)
   Roux L, Priet S, Payrot N, Weck C, Fournier M, Zoulim F, Balzarini J, Canard B, Alvarez K
   Eur J Med Chem 63C 869-881
2. Acyclic nucleoside thiophosphonates as potent inhibitors of HIV and HBV replication. (2011)
   Barral K, Weck C, Payrot N, Roux L, Durafour C, Zoulim F, Neyts J, Balzarini J, Canard B, Priet S, Alvarez K
   Eur J Med Chem 46 4281-8
3. 3'-Deoxy phosphoramidate dinucleosides as improved inhibitors of hepatitis C virus subgenomic replicon and NS5B polymerase activity. (2010)
   Priet S, Zlatev I, Barvik I, Geerts K, Leyssen P, Neyts J, Dutartre H, Canard B, Vasseur JJ, Morvan F, Alvarez K
   J Med Chem 53 6608-17
4. Structure and Functionality in Flavivirus Ns-Proteins: Perspectives for Drug Design. (2010)
   Bollati M, Alvarez K, Assenberg R, Baronti C, Canard B, Cook S, Coutard B, Decroly E, De Lambellerie X, Gould EA, Grard G, Grimes JM, Hilgenfeld R, Jansson AM, Malet H, Mancini EJ, Mastrangelo E, Mattevi A, Milani M, Moureau G, Neyts J, Owens RJ, Ren J, Selisko B, Speroni S, Steuber H, Stuart DI, Unge T, Bolognesi M
   Antiviral Res 87(2) 125-48
5. High yield synthesis, purification and characterisation of the RNase L activators 5'-triphosphate 2'-5'-oligoadenylates. (2010)
   Morin B, Rabah N, Boretto-Soler J, Tolou H, Alvarez K, Canard B
   Antiviral Res 87(3) 345-52
6. Dengue virus replicons: production of an interserotypic chimera and cell lines from different species, and establishment of a cell-based fluorescent assay to screen inhibitors, validated by the evaluation of ribavirin's activity. (2010)
   Masse N, Davidson A, Ferron F, Alvarez K, Jacobs M, Romette JL, Canard B, Guillemot JC
   Antiviral Res 86 296-305
7. Synthesis and antiviral activity of boranophosphonate isosteres of AZT and d4T monophosphates. (2010)
   Barral K, Priet S, De Michelis C, Sire J, Neyts J, Balzarini J, Canard B, Alvarez K
   Eur J Med Chem 45 849-56
8. Biochemical characterization of the (nucleoside-2\'O)-methyltransferase activity of dengue virus protein NS5 using purified capped RNA oligonucleotides 7MeGpppACn and GpppACn. (2010)
   Selisko B, Peyrane FF, Canard B, Alvarez K, Decroly E
   J Gen Virol 91 112-21
9. Identification of allosteric inhibitors blocking the Hepatitis C Virus polymerase NS5B in the RNA synthesis initiation step. (2009)
   Betzi S, Eydoux C, Bussetta C, Blemont M, Leyssen P, Debarnot C, Ben-Rahou M, Haiech J, Hibert M, Gueritte F, Grierson DS, Romette JL, Guillemot JC, Neyts J, Alvarez K, Morelli X, Dutartre H, Canard B
   Antiviral Res 84(1) 48-59
10. The flavivirus polymerase as a target for drug discovery. (2008)
    Malet H, Masse N, Selisko B, Romette JL, Alvarez K, Guillemot JC, Tolou H, Yap TL, Vasudevan S, Lescar J, Canard B
    Antiviral Res 80 23-35