Bioinformatique CAZy

Cette plateforme est basée sur les outils bioinformatiques associés à la base de données CAZy (www.cazy.org) créée et mise à jour au laboratoire par l’équipe Glycogénomique. La plateforme permet d’effectuer l’analyse de données génomiques et métagénomiques pour identifier les séquences correspondant à des enzymes d’assemblage (glycosyltransférases) ou de déconstruction des sucres complexes (glycoside hydrolases, polysaccharide lyases, carbohydrate estérases, activités auxiliaires).

Accessibilité

Académiques et industriels

Contact

Bernard Henrissat

Equipement spécifique

1 HPC de 360 coeurs, 1 HPC de 64 cœurs, 4 calculateurs SMP à 64 cœurs, et 2 calculateurs à 8 cœurs

Coût

A définir pour les industriels en fonction du temps d’utilisation et de l’assistance nécessaires.

Exemples de publications citant notre plateforme

Seedorf et al. (2014) Bacteria from diverse habitats colonize and compete in the mouse gut. Cell 159, 1-14
Ridaura et al. (2013) Gut microbiota from twins discordant for obesity modulate metabolism in mice. Science 341:1241214.
Floudas et al. (2012) The Paleozoic origin of white rot wood decay reconstructed using 31 fungal genomes. Science 336, 1715-1719
Ohm et al. (2012) Diverse lifestyles and strategies of plant pathogenesis encoded in the genomes of eighteen Dothideomycetes fungi. PLoS Pathogens 8(12) : e1003037
Muegge et al. (2011) Diet drives convergence in gut microbiome functions across mammalian phylogeny and within humans. Science 332, 970-974