CNRS - AIX MARSEILLE UNIV : UMR7257

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Bioinformatique CAZy

Responsable Bernard HENRISSAT

Cette plateforme est basée sur les outils bioinformatiques associés à la base de données CAZy (www.cazy.org) créée et mise à jour au laboratoire par l’équipe Glycogénomique. La plateforme permet d’effectuer l’analyse de données génomiques et métagénomiques pour identifier les séquences correspondant à des enzymes d’assemblage (glycosyltransférases) ou de déconstruction des sucres complexes (glycoside hydrolases, polysaccharide lyases, carbohydrate estérases, activités auxiliaires).

Accessibilité

Académiques et industriels

Contact

Bernard Henrissat

Equipement spécifique

1 HPC de 360 coeurs, 1 HPC de 64 cœurs, 4 calculateurs SMP à 64 cœurs, et 2 calculateurs à 8 cœurs

Coût

A définir pour les industriels en fonction du temps d’utilisation et de l’assistance nécessaires.

Exemples de publications citant notre plateforme

  • Seedorf et al. (2014) Bacteria from diverse habitats colonize and compete in the mouse gut. Cell 159, 1-14
  • Ridaura et al. (2013) Gut microbiota from twins discordant for obesity modulate metabolism in mice. Science 341:1241214.
  • Floudas et al. (2012) The Paleozoic origin of white rot wood decay reconstructed using 31 fungal genomes. Science 336, 1715-1719
  • Ohm et al. (2012) Diverse lifestyles and strategies of plant pathogenesis encoded in the genomes of eighteen Dothideomycetes fungi. PLoS Pathogens 8(12) : e1003037
  • Muegge et al. (2011) Diet drives convergence in gut microbiome functions across mammalian phylogeny and within humans. Science 332, 970-974
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