Le laboratoire AFMB est rattaché aux départements de biologie et de chimie de l’UFR Sciences d’Aix-Marseille Université et à la grande école d’ingénieurs Polytech Marseille, et il est associé aux deux écoles doctorales des Sciences de la vie et de la santé (ED62) et des Sciences chimiques (ED250). Plusieurs de ses membres, professeurs et maîtres de conférence mais aussi chercheurs et ingénieurs volontaires, interviennent dans différentes filières pédagogiques.