Plateforme de Criblage Marseille-Luminy (PCML)
La plateforme de criblage Marseille – Luminy est impliquée dans de nombreux domaines de la recherche antivirale et du drug design.
Nos offres sont pensées pour être aussi modulables que possible, permettant aux chercheurs de choisir plusieurs options (collaboration, prestations de service …). PCML propose son expérience et son savoir-faire à plusieurs niveaux :
Le criblage d’inhibiteurs des protéines et enzymes virales
- Criblage sur des enzymes virales et caractérisation biochimique
- Criblage d’inhibiteurs d’interactions protéine-protéine ou protéine-ligand
- Miniaturisation d’essais biochimiques en criblage à haut-débit
La fourniture de chimiothèques
- Issues des chimiothèques du laboratoire AFMB
- Issues de chimiothèques orientées
- Etudes SAR
Le développement de nouvelles technologies
- Miniaturisation d’essais
- Essais en fluorescence
- Développement de tests (par ex, HTRF)
Il est également possible de cribler l’activité inhibitrice de nos composés sur une enzyme d’intérêt ou de cribler des composés extérieurs sur nos enzymes.
PCML est intégrée au sein de la plateforme AD2P (Antiviral Drug Design Platform). Ce réseau collaboratif, labellisé Plateforme technologique Aix-Marseille, est en place depuis 2005 et se compose de PCML, de la plateforme de criblage viral Marseille-Timone (PCVMT, resp. X.de Lamballerie) et de la plateforme Interactions, Dynamique et Drug design (INT-3D, resp. Xavier Morelli). PCML est également membre de la plateforme Marseille Screening Center (MaSC) (https://www.afmb.univ-mrs.fr/MaSC/). La combinaison de nos expériences respectives crée ainsi une interface dynamique propice au développement et à l’optimisation des projets.
Accessibilité
Académiques et industriels
Coût
A définir en fonction du projet.
Comment faire une demande ?
- Chimiothèques à fournir, essais à développer, services : Pr. Jean-Claude Guillemot
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Equipement spécifique
- 1 chimiothèque de près de 76 000 composés
- 1 laboratoire de type 2 d’expérimentations en radioactivité
- 1 robot Beckman I5 équipé d’une tête 96 puits et d’une tête 384 puits
- 1 robot Beckman 4000 avec têtes 1 et 8 puits
- 1 compteur à scintillation MicroBeta (Perkin Elmer)
- 1 phospho-imager Amersham Typhoon (Life sciences)
- 1 PheraStar omega (BMG Labtech)
- 1 fluorimètre Tecan Safire2
- 1 base de données LISM
Publications
- Bardiot D, Vangeel L, Koukni M, Arzel P, Zwaagstra M, Lyoo H, Wanningen P, Ahmad S, Zhang L, Sun X, Delpal A, Eydoux C, Guillemot JC, Lescrinier E, Klaassen H, Leyssen P, Jochmans D, Castermans K, Hilgenfeld R, Robinson C, Decroly E, Canard B, Snijder EJ, van Hemert MJ, van Kuppeveld F, Chaltin P, Neyts J, De Jonghe S, Marchand A.”Synthesis, Structure-Activity Relationships, and Antiviral Profiling of 1-Heteroaryl-2-Alkoxyphenyl Analogs as Inhibitors of SARS-CoV-2 Replication.“Molecules. 2022 Feb 4;27(3):1052.PMID: 35164317
- Shannon A, Fattorini V, Sama B, Selisko B, Feracci M, Falcou C, Gauffre P, El Kazzi P, Delpal A, Decroly E, Alvarez K, Eydoux C, Guillemot JC, Moussa A, Good SS, La Colla P, Lin K, Sommadossi JP, Zhu Y, Yan X, Shi H, Ferron F, Canard B.”A dual mechanism of action of AT-527 against SARS-CoV-2 polymerase.“Nat Commun. 2022 Feb 2;13(1):621.PMID: 35110538
- Lo HS, Hui KPY, Lai HM, He X, Khan KS, Kaur S, Huang J, Li Z, Chan AKN, Cheung HH, Ng KC, Ho JCW, Chen YW, Ma B, Cheung PM, Shin D, Wang K, Lee MH, Selisko B, Eydoux C, Guillemot JC, Canard B, Wu KP, Liang PH, Dikic I, Zuo Z, Chan FKL, Hui DSC, Mok VCT, Wong KB, Mok CKP, Ko H, Aik WS, Chan MCW, Ng WL.”Simeprevir Potently Suppresses SARS-CoV-2 Replication and Synergizes with Remdesivir.“ACS Cent Sci. 2021 May 26;7(5):792-802.PMID: 34075346
- Eydoux C, Fattorini V, Shannon A, Le TT, Didier B, Canard B, Guillemot JC.”A fluorescence-based high throughput-screening assay for the SARS-CoV RNA synthesis complex.“J Virol Methods. 2021 Feb;288:114013.PMID: 33166547
- Shannon A, Le NT, Selisko B, Eydoux C, Alvarez K, Guillemot JC, Decroly E, Peersen O, Ferron F, Canard B.”Remdesivir and SARS-CoV-2: Structural requirements at both nsp12 RdRp and nsp14 Exonuclease active-sites.“Antiviral Res. 2020 Jun;178:104793.PMID: 32283108
- Olivon F, Remy S, Grelier G, Apel C, Eydoux C, Guillemot JC, Neyts J, Delang L, Touboul D, Roussi F, Litaudon M.”Antiviral Compounds from Codiaeum peltatum Targeted by a Multi-informative Molecular Networks Approach.“J Nat Prod. 2019 Feb 22;82(2):330-340.PMID: 30681849
- Ferreira-Ramos AS, Li C, Eydoux C, Contreras JM, Morice C, Quérat G, Gigante A, Pérez Pérez MJ, Jung ML, Canard B, Guillemot JC, Decroly E, Coutard B.”Approved drugs screening against the nsP1 capping enzyme of Venezuelan equine encephalitis virus using an immuno-based assay.“Antiviral Res. 2019 Mar;163:59-69.PMID: 30639438
- Aouadi W, Eydoux C, Coutard B, Martin B, Debart F, Vasseur JJ, Contreras JM, Morice C, Quérat G, Jung ML, Canard B, Guillemot JC, Decroly E. “Toward the identification of viral cap-methyltransferase inhibitors by fluorescence screening assay.” Antiviral Res. 2017 Aug ;144:330-339. Epub 2017 Jul 1. PMID : 28676301
- Milhas S, Raux B, Betzi S, Derviaux C, Roche P, Restouin A, Basse MJ, Rebuffet E, Lugari A, Badol M, Kashyap R, Lissitzky JC, Eydoux C, Hamon V, Gourdel ME, Combes S, Zimmermann P, Aurrand-Lions M, Roux T, Rogers C, Müller S, Knapp S, Trinquet E, Collette Y, Guillemot JC, Morelli X. “Protein-Protein Interaction Inhibition (2P2I)-Oriented Chemical Library Accelerates Hit Discovery.” ACS Chem Biol. 2016 Aug 19 ;11(8):2140-8. Epub 2016 Jun 3. PMID : 27219844
- Coulerie P, Nour M, Maciuk A, Eydoux C, Guillemot JC, Lebouvier N, Hnawia E, Leblanc K, Lewin G, Canard B, Figadère B. « Structure-activity relationship study of biflavonoids on the Dengue virus polymerase DENV-NS5 RdRp » Planta Med. 2013 Sep ;79(14):1313-8. Epub 2013 Aug 8. PMID : 23929244
- Bourjot M, Leyssen P, Eydoux C, Guillemot JC, Canard B, Rasoanaivo P, Guéritte F, Litaudon M. “Chemical constituents of Anacolosa pervilleana and their antiviral activities”. Fitoterapia. 2012 Sep ;83(6):1076-80. Epub 2012 May 14. PMID : 22613073
- Allard PM, Dau ET, Eydoux C, Guillemot JC, Dumontet V, Poullain C, Canard B, Guéritte F, Litaudon M. “Alkylated Flavanones from the Bark of Cryptocarya chartacea As Dengue Virus NS5 Polymerase Inhibitors.” J Nat Prod. 2011 Nov 28 ;74(11):2446-53 Epub 2011 November 3 PMID : 22050318
- Norder H, De Palma AM, Selisko B, Costenaro L, Papageorgiou N, Arnan C, Coutard B, Lantez V, De Lamballerie X, Baronti C, Solà M, Tan J, Neyts J, Canard B, Coll M, Gorbalenya AE, Hilgenfeld R. “Picornavirus non-structural proteins as targets for new anti-virals with broad activity.”Antiviral Res. 2011 Mar ;89(3):204-18. Epub 2011 Jan 12. PMID:21236302
- Massé N, Davidson A, Ferron F, Alvarez K, Jacobs M, Romette JL, Canard B, Guillemot JC. “Dengue virus replicons : production of an interserotypic chimera and cell lines from different species, and establishment of a cell-based fluorescent assay to screen inhibitors, validated by the evaluation of ribavirin’s activity.”Antiviral Res. 2010 Jun ;86(3):296-305. Epub 2010 Mar 20. PMID : 20307577
- Selisko B, Peyrane F, Canard B, Alvarez K, Decroly E. “Biochemical characterization of the (nucleoside-2’O)-methyltransferase activity of dengue virus protein NS5 using purified capped RNA oligonucleotides 7MeGpppACn and GpppACn” J Gen Virol 2010 Jan ;91(Pt 1):112-21. Epub 2009 Sep 23. PMID:19776234
- Betzi S, Eydoux C, Bussetta C, Blemont M, Leyssen P, Debarnot C, Ben-Rahou M, Haiech J, Hibert M, Gueritte F, Grierson DS, Romette JL, Guillemot JC, Neyts J, Alvarez K, Morelli X, Dutartre H, Canard B. “Identification of allosteric inhibitors blocking the hepatitis C virus polymerase NS5B in the RNA synthesis initiation step.” Antiviral Res. 2009 Oct ;84(1):48-59. Epub 2009 Jul 7. PMID : 19589358
- Hall RA, Tan SE, Selisko B, Slade R, Hobson-Peters J, Canard B, Hughes M, Leung JY, Balmori-Melian E, Hall-Mendelin S, Pham KB, Clark DC, Prow NA, Khromykh AA.“Monoclonal antibodies to the West Nile virus NS5 protein map to linear and conformational epitopes in the methyltransferase and polymerase domains.”J Gen Virol. 2009 Dec ;90(Pt 12):2912-22. Epub 2009 Aug 26. PMID:19710254
- Luzhkov VB, Selisko B, Nordqvist A, Peyrane F, Decroly E, Alvarez K, Karlen A, Canard B, Åqvist J. “Virtual screening and bioassay study of novel inhibitors for dengue virus mRNA cap (nucleoside-2’O)-methyltransferase”. Bioorg Med Chem. 2007 Jul ;83(1):28-34. Epub 2009 Mar 14. PMID:19501254
- Malet H, Massé N, Selisko B, Romette JL, Alvarez K, Guillemot JC, Tolou H, Yap TL, Vasudevan S, Lescar J, Canard B. “The flavivirus polymerase as a target for drug discovery.”Antiviral Res. 2008 Oct ;80(1):23-35. Epub 2008 Jul 9. Review. PMID : 18611413
- Selisko B, Dutartre H, Guillemot JC, Debarnot C, Benarroch D, Khromykh A, Desprès P, Egloff MP, Canard B.“Comparative mechanistic studies of de novo RNA synthesis by flavivirus RNA-dependent RNA polymerases.”Virology. 2006 Jul 20 ;351(1):145-58. Epub 2006 Apr 21. PMID : 16631221
Prestations de services
- Projet Européen IMICARE : Criblage de molécules d’intérêt et leurs caractérisations sur le complexe réplicatif du SARS-Coronavirus
- Institut REGA Louvain/Belgique (projet IMICARE) : Mise en plaque et Fourniture d’une chimiothèque privé industrielle
- Société X : Criblage de molécules d’intérêt et détermination d’IC50 sur les polymérases de la famille des Flavivirus
- Institut REGA Louvain/Belgique (projet SILVER) : Fourniture d’une chimiothèque (ChemBridge)
- AFMB équipe « Désordre structural et reconnaissance moléculaire » : Développement et miniaturisation d’un test HTRF
- Institut REGA Louvain/Belgique : Détermination des IC50 d’inhibiteurs potentiels sur la polymérase du virus de la Dengue (Flaviviridae)
- Société X : Criblage de molécules d’intérêt et détermination d’IC50 sur la polymérase du virus de l’hépatite C.
- Société X : développement d’un essai spécifique sur la protéine NS5 du virus de la Dengue et criblage de composés.
- Société Fabre : criblage de composés sur la méthyl transférase de différents virus.
Collaborations
- Etude multicentrique, F. Ausseil (CNRS-Fabre), L. Lafanechère (UJF-Grenoble), P. Villa (Strasbourg).
- Ecole de pharmacie de Bombay, Mumbai : Criblage de molécules potentiellement inhibitrices issues de l’école de pharmacie de Bombay sur quatre méthyltransférase « maison » ((Coronaviridae, Flaviviridae, human)
- FP7 projet européen SILVER (Small-molecule Inhibitor Leads Versus emerging and neglected RNA viruses) : Caractérisation de plusieurs molécules inhibitrices sur les polymérases de Picornaviridae (spécificité, valeurs de Ki, type d’inhibition) et caractérisation de molécules inhibitrices sur la polymérase du virus de la Dengue
- Institut de Chimie des Substances Naturelles (ICSN), la faculté de Pharmacie UMR 8076 Université Paris-Sud et le LIVE-UNCEA université de Nouvelle Calédonie : Criblage d’extraits naturels et de fractions (fractionnement bioguidé), découverte d’inhibiteurs de la polymérase du virus de la Dengue, caractérisation biochimique et spécificité, détermination de la cytotoxicité et du potentiel inhibiteurs des molécules sur système replicon.
- Institut Curie (Paris), l’institut de Chimie des Substances Naturelles (ICSN) et l’école de Biotechnologie et de Pharmacie Strasbourg dans le cadre de l’ARN Dengue : Criblage de la chimiothèque nationale, découverte d’inhibiteurs de la polymérase du virus de la Dengue, caractérisation biochimique d’inhibiteurs et spécificité, détermination de la cytotoxicité et du potentiel inhibiteurs des molécules sur système replicon
- FP6 projet européen VIZIER (Comparative Structural genomics of Viral Enzymes involved in Replication) : Découverte d’un inhibiteur de nucléoside-2’O méthyl transférase du virus de la Dengue, criblage de molécules sur la polymérase B3 du virus Coxsackie (Picornaviridae)
- Collaboration avec le centre de recherche des maladies infectieuses, école de chimie et biosciences moléculaires, Université de Queensland : Test de l’effet inhibiteur sur l’activité polymérase d’anticorps anti-NS5 du virus West-Nile
- Collaboration avec la société Prestwick Chemical (ANR VMTasIn) : criblage de la chiomiothèque Prestwick par HTRF sur les méthytransférases des virus de la Dengue et du SARS.
- Collaboration avec le laboratoire de virologie, département de chimie biologique de la faculté de sciences exactes et naturelles, université de Buenos Aires, Argentine : analyse de l’effet inhibiteur de composés antiviraux sur la NS5 du virus de la Dengue.
Brevets
La plateforme a un brevet en cours de valorisation par la SATT-SE (Dengue Antivirals : nouvelles entités chimiques actives contre le virus de la Dengue n°EP13305019.5 (20 Juin 2013)), ciblant les 4 sérotypes du virus de la Dengue et des membres des Flavivirus, pathogènes humains, comme le virus Zika.
