Bioinformatique CAZy
Cette plateforme est basée sur les outils bioinformatiques associés à la base de données CAZy créée et mise à jour au laboratoire par l’équipe Glycogénomique.
La plateforme analyse des données génomiques et métagénomiques pour identifier les séquences correspondant à des enzymes d’assemblage (glycosyltransférases) ou de déconstruction des sucres complexes (glycoside hydrolases, polysaccharide lyases, carbohydrate estérases, activités auxiliaires). Nous proposons plusieurs niveaux d’analyse, de l’analyse automatique à la curation manuelle.
Accessibilité
Académiques et industriels
Coût
A définir pour les industriels en fonction du temps d’utilisation et de l’assistance nécessaires.
Comment faire une demande ?
- Contact AFMB : Vincent Lombard
Equipement spécifique
- 1 HPC de 616 coeurs
- 1 HPC de 64 cœurs
- 4 calculateurs SMP à 64 cœurs
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Publications citant notre plateforme
- Seedorf et al. (2014) Bacteria from diverse habitats colonize and compete in the mouse gut. Cell 159, 1-14
- Ridaura et al. (2013) Gut microbiota from twins discordant for obesity modulate metabolism in mice. Science 341:1241214.
- Floudas et al. (2012) The Paleozoic origin of white rot wood decay reconstructed using 31 fungal genomes. Science 336, 1715-1719
- Ohm et al. (2012) Diverse lifestyles and strategies of plant pathogenesis encoded in the genomes of eighteen Dothideomycetes fungi. PLoS Pathogens 8(12) : e1003037
- Muegge et al. (2011) Diet drives convergence in gut microbiome functions across mammalian phylogeny and within humans. Science 332, 970-974
