Offre d’emploi pour un.e ingénieur.e d’études en bioinformatique – Pourvue.
Contexte scientifique – Structure d’accueil :
L’ingénieur.e sera recruté.e au laboratoire Architecture et Fonction des Macromolécules Biologiques (AFMB), unité mixte de recherche sous tutelles de Aix-Marseille Université (AMU) et du Centre National de la Recherche scientifique (CNRS) (UMR 7257). Le laboratoire AFMB est localisé à Marseille, sur le Campus de Luminy de l’université Aix-Marseille. Il est composé de 5 équipes de recherche et 3 plateformes techniques scientifiques. Le cœur du travail du laboratoire AFMB est de décrire, à l’échelle moléculaire, l’architecture des protéines, ou des édifices macromoléculaires, afin d’en déterminer les fonctions.
L’ingénieur.e sera intégré.e au sein de l’équipe de Glycogénomique, impliquée dans le développement de la base de données CAZy (Carbohydrate-Active enZymes) et de la plateforme Bioinformatique CAZy. CAZy est la référence internationale dans la classification des enzymes actives sur les glucides. La base de données CAZy, est mise à jour mensuellement et offre une classification détaillée des enzymes en familles, basées sur leurs similarités de séquences. Elle fournit également des informations fonctionnelles, ce qui en fait une référence incontournable pour la recherche en glycobiologie et en enzymologie.
L’équipe de glycogénomique, dirigée par Nicolas Terrapon, est composée de 5 membres permanents et 4 membres non-permanents. Dans le cadre de cette offre, l’ingénieur.e recruté.e sera sous la direction de Vincent Lombard, ingénieur de recherche CNRS, responsable de la plateforme CAZy et en charge du développement technique de la base de données CAZy.
Missions et activités :
L’ingénieur.e d’études sera impliqué.e dans un projet de recherche collaboratif avec l’Université Sorbonne et financé par l’ANR (Agence Nationale de la Recherche). Sa mission consistera à assurer les analyses bioinformatiques des familles de CAZymes, impliquées dans le projet DEFINE (Deep Learning for the functional classification of carbohydrate-active enzymes). Il/elle devra mettre en place des datasets d’analyses pour la mise en œuvre d’un pipeline d’intelligence artificielle afin de faire de la prédiction fonctionnelle des familles et sous-familles de CAZymes. Les résultats devront être stockés dans une base de données liée au projet qu’il/elle créera.
Activité principale
La personne recrutée devra :
- Être responsable de la réalisation d’une partie des analyses en développant des scripts en R ou en Python, en étroite collaboration avec l’équipe de Glycogénomique.
- Gérer l’organisation des données à grande échelle.
- Assurer le dépôt des données dans des bases de données publiques. Participer aux réunions du projet DEFINE.
Activité secondaire
- Assister un apprenti dans la confection d’un site web pour CAZy.
Compétences :
Un diplôme de niveau Bac +5 en bio-informatique, biologie computationnelle, génomique ou domaines connexes est requis. Nous recherchons une personne motivée, organisée et rigoureuse et capable de travailler en équipe, avec de solides compétences en programmation (R, Python, …).
Une expérience dans l’intelligence artificielle et la création de bases de données est fortement apprécié. De plus, une connaissance dans l’analyse des séquences protéiques et la biologie des enzymes sera un plus.
Un niveau acceptable en anglais (score TOEIC) et de bonnes aptitudes pour communiquer sont nécessaires.
Cadre administratif :
Lieu de travail : Marseille, Campus de Luminy, situé dans le Parc National des Calanques
Type de contrat : CDD d’une durée de 18 mois géré par AMU.
Date d’embauche prévue : au plus tard le 01 janvier 2025
Quotité de temps de travail : Temps complet (100%)
Rémunération : de 2419 € à 3046 € brut mensuel (modulable selon l’expérience)
Niveau d’études souhaité : 7 (Bac +5 / Master)
Pour postuler merci d’envoyer CV + Lettre de motivation à : vincent.lombard@univ-amu.fr
Publié le septembre 8, 2024
