Cristallogenèse et cristallographie
Ce service de PBSIM offre une infrastructure robotisée pour le criblage de centaines de conditions de cristallogenèse à partir de faibles quantités de matériel biologique, et assure le suivi des expériences réalisées.
Ce service est équipé d’un robot de cristallisation en nano-volumes permettant de réaliser les étapes de criblage et optimisation de conditions; d’un robot de remplissage des puits à partir de kits commerciaux et de création de grilles d’optimisation; et de deux automates de stockage et visualisation des boites (20°C et 7°C). La qualité des cristaux obtenus et les conditions de cryo-congélation sont testées sur un équipement complet de diffraction aux rayons X. L’acquisition d’un jeu de données est également possible.
Retrouvez ce service dans cette vidéo: https://www.youtube.com/watch?v=E-5vKfjZoPA&list=PLhk31IqVPY96UXlRAOGLuz_PyGCFnpGDp&index=
Les nouveaux utilisateurs du service de cristallogenèse peuvent s’initier à l’utilisation des robots via cette vidéo: Les robots de cristallisation Vdéf (univ-mrs.fr)
Note : Le facteur le plus important est la qualité et la pureté de votre matériel biologique. Nous vous encourageons vivement à vérifier la qualité de votre échantillon protéique avant toute expérience de cristallisation.
Accessibilité
Académiques et industriels
Coût
A définir en fonction du projet.
Comment faire une demande ?
- Compléter le formulaire
en précisant “Marseille” pour l’item “High throughput crystallization” - Contact cristallogenèse : Véronique Zamboni
- Contact cristallographie : Gerlind Sulzenbacher
Equipement spécifique
Cristallisation
- 1 robot Mosquito (TTP Labtech)
- 1 robot EVO150 (Tecan)
- 2 Rock Imager (Formulatrix) thermostatés à 20°C et 8°C, équipés d’un module UV et du logiciel CRIMS
- 1 incubateur à 12-15°C sans vibrations
Equipement rayons-X
- 1 générateur de rayons X de type microfocus tube scellé (Primux100, Anton Paar)
- 1 détecteur Mar345 sur stage mardtb
- 1 cryostat (Oxford cryosystems)
Publications
- Jabafi I, Selisko B, Coutard B, De Palma AM, Neyts J, Egloff MP, Grisel S, Dalle K, Campanacci V, Spinelli S, Cambillau C, Canard B, Gruez A (2007) Improved crystallization of the coxsackievirus B3 RNA-dependent RNA polymerase. Acta Crystallogr. F63, 495-8.
- Vincentelli R, Bignon C, Gruez A, Canaan S, Sulzenbacher G, Tegoni M, Campanacci V, Cambillau C (2003) Medium-scale structural genomics : strategies for protein expression and crystallization. Acc. Chem. Res. 36, 165-72.
- Sulzenbacher G, Gruez A, Roig-Zamboni V, Spinelli S, Valencia C, Pagot F, Vincentelli R, Bignon C, Salomoni A, Grisel S, Maurin D, Huyghe C, Johansson K, Grassick A, Roussel A, Bourne Y, Perrier S, Miallau L, Cantau P, Blanc E, Genevois M, Grossi A, Zenatti A, Campanacci V, Cambillau C (2002) A medium-throughput crystallization approach. Acta Crystallogr. D58, 2109-15.
Plus d’informations
Pour un criblage initial, nous utilisons une large gamme de kits commerciaux de cristallisation, y compris certains kits spécialisés, en plaques de 96 puits. Pour chacune des conditions, 100-300 nl d’une solution contenant la protéine d’intérêt sont mélangés à 100 nl de la solution du puit d’un volume de 100 à 150 µl. Typiquement, nous testons 3 concentrations différentes de solution de protéine (> 3 mg/ml) en faisant varier le volume (100, 200 et 300 nl) de la solution protéique et recommandons d’utiliser pour un premier crible 2 à 3 kits différents. Cette procédure nécessite au minimum 70 µl d’une solution de protéine par plaque. Plusieurs types de plaque sont à disposition des utilisateurs. Pour l’étape d’optimisation des conditions initiales, nous avons conçu un crible basé sur une grille 8×8 qui permet de faire varier 2 paramètres (e.g. pH versus concentration en agent précipitant). Chaque grille nécessite de 10 µl (1 goutte) à 48 µl (3 gouttes) de la solution de protéine pour cribler une ou 3 différentes concentrations de protéine. En général, plusieurs cycles d’optimisation sont nécessaires pour identifier les meilleures conditions. Cette étape d’optimisation peut également être réalisée manuellement à partir de plaques Limbro de 24 puits.
